La prima sala è dedicata alla preistoria, con significative testimonianze dal Paleolitico superiore all’Età del Rame, tra cui quelle individuate nella famosa Grotta di Angera. Oltre ai numerosi reperti originali è stato allestito un Tavolo Tattile che permette a tutti i visitatori di toccare con mano, annusare, provare alcune tecniche preistoriche attestate nel territorio.

Nella seconda sala si passa ad illustrare l'area abitativa di Angera in età romana. Numerose e significative sono le testimonianze della cultura, della religione e della struttura dell’antico vicus, oltre che le monete e i reperti che attestano gli antichi rapporti commerciali con l'Europa centrale e il Mediterraneo. Una sezione è dedicata ai rari e affascinanti resti organici e alimentari, tra cui l’olla di Cislago contenente semi di segale, frumento e castagne, e  i famosi Panini di Angera, per i quali il borgo è secondo in Italia solo a Pompei!

Ampio spazio è dedicato alle necropoli romane, da cui provengono numerosi corredi, reperti in vetro, ceramica e metallo, lucerne, monete e piccoli gioielli. Dal cimitero paleocristiano si segnala una lastra  marmorea di VI secolo con un’iscrizione in greco: è la stele funeraria di un antico commerciante vissuto e sepolto ad Angera, ma nato in Siria; il reperto conferma la grande mobilità dei popoli, in tutto il mondo abitato, fin dalle epoche antiche. Sotto il portico del pian terreno, è stato allestito un bel Lapidario con statue, altari e frammenti di monumenti funebri, accessibile anche ai non vedenti.

Le sale ospitano anche il MABA, Museo Archeologico dei Bambini – Angera, un allestimento colorato, pensato per le necessità dei bambini, per farli sentire a loro agio in un ambiente accessibile, in cui potranno trovare spiegazioni iconografiche, sgabelli per raggiungere le vetrine più alte, libri e giochi tematici, grazie ai quali imparare insieme ai loro genitori.